Пасатно-мусонні повітряні течії, що йдуть з боку Індійського океану, нерівномірність у розподілі опадів, що коректується рельєфом, яскравий органічний світ, достаток озер створюють виняткову розмаїтість ландшафтів у порівнянні з західною частиною континенту.

На заході нагір'я межує з улоговиною Конго, на сході підходить до узбережжю Індійського океану, південна границя проходить по нижній течії Замбезі, а північна — по западині озера Рудольф. Таким чином, цей регіон, як і улоговина Конго, більшою своєю частиною лежить у південній півкулі, а меншою — у північній.

Тісно спаяні складки кристалічного фундаменту нагір'я вирівняні і підняті до 500—1500 м.

У рельєфі переважають виположені пагорби й останцеві височини, складені найтвердішими породами. Такий характер мають плато Уньямвезі (південніше озера Вікторія) і на північ від нього плато Уганда.

Найбільш цікавою особливістю рельєфу Східно-Африканського нагір'я є система рифтів, що продовжує рифти Червоного моря й Ефіопського нагір'я. Через озеро Рудольф на південь проходить Східно-Африканський рифт, виражений у рельєфі у вигляді гігантського грабена з крутими краями глибиною до 600 м, із плоским дном, частково зайнятим мілководними озерами, болотами і солончаками. По краях рифту і на сусідніх плато піднімаються брили кристалічних порід і величезні вулканічні масиви, що утворюють найвищі точки Африки: Кіліманджаро з вершиною Кібо (5895чм), Кенія (5199 м), Елгон (4322 м) і ін. Типовими формами рельєфу є також кальдери, серед яких Нгоронгоро — найбільша кальдера на Землі.

Вулканічна діяльність уздовж Східно-Африканського рифту була дуже інтенсивною і не закінчилася дотепер. Багато вулканів продовжують діяти, деякі з них підсилили свою активність за останні роки. Для вулканізму цього району характерний зміст у вулканічних продуктах карбонату натрію (соди).

Уздовж західної окраїни нагір'я проходить друга система рифтів — Центрально-Африканський грабен, у межах якого знаходяться найглибші озера Африки (Мобуту-Сесе-Секо, Ківу, Танганьїка й ін.). Контрасти рельєфу і вулканічна активність там ще більші, ніж у зоні Східного рифта. Кристалічний масив Рувензорі перевищує 5000 м, вулкан Карісімбі в горах Вірунга —4507 м.

До узбережжя Індійського океану нагір'я майже скрізь обривається ступінчасто крутими обривами, що відокремлюється від нього низовиною шириною в кілька десятків кілометрів. Береги сильно розчленовані, біля них багато островів і коралових рифів.

Крім приекваторіального положення значну роль у формуванні кліматів Східно-Африканського нагір'я відіграють відносно велика висота і розчленований рельєф, а також вплив Індійського океану.

Високі температури і малі річні і добові їхні коливання спостерігаються тільки на невеликій висоті, особливо на узбережжя Індійського океану. З висотою температури стають більш помірними, добові коливання їхній збільшуються, хоча річний хід залишається рівномірним. У горах вище 2000 м температура буває нижче 0°С, вище 3500 м випадає сніг, а на найвищих масивах — Рувензорі, Кенії і Кіліманджаро — значні площі покриті вічними снігами і льодовиками.

Для внутрішніх районів характерний типовий екваторіальний режим опадів із двома максимумами і двома періодами відносного їхнього зменшення. Більше всього дощів випадає на західних схилах високих масивів, що перехоплюють вологу, принесену південно-західними мусонами.

У   східній   частині   регіону, що   прилягає   до   Індійського океану,  інші умови  циркуляції  атмосфери  і  розподіли опадів.  Над Індійським  океаном  протягом усього року дують пасати.   Улітку   північної  півкулі  підсилюється   південно-західний   пасат,  зона  його  впливу   пересувається   до  екватора, де він здобуває характер мусону. Це обумовлює різко виражений вологий  період на всій  східній  окраїні області,   причому   особливо  багато  опадів   у   цей   період  випадає   на   схилах   високих   масивів,   звернених   до   сходу. На півночі від екватора проявляється вплив північно-східного пасату,   що   дує   в   цих   місцях   улітку   південної   півкулі, створюючи вологий період у листопаду — березні. В інший  час   року   зберігаються   умови   відносної   сухості. На Східно-Африканському нагір'ї проходить головний вододіл Африки. Звідси беруть початок ріки Конго і Ніл і їхні великі притоки, притоки Замбезі й інші ріки, що впадають в   Індійський   океан.   У   межах   нагір'я   знаходяться   найбільші   і   глибокі   озера   Африки, що   відносяться   до   найбільших озер  світу.  Великі маси води озер  Вікторія, Танганьїка   і   Ньяса   частково впливають   на   клімат. Озера здавна використовують для судноплавства.

У межах нагір'я є западини, позбавлені поверхневого стоку в океан, з пересихаючими солоними озерами — Натрон, Щонайваша й ін. Найбільша безстічна западина з залишковими озерами лежить південніше озера Рудольф і займає частину зони Східного рифта. Ще одна безстічна територія розташована на схід від Танганьїки. Засоленість озер пов'язують з діяльністю сильно мінералізованих джерел.

Можливо, відокремлення окремих озерних западин і втрата ними зв'язку з іншими басейнами — результат недавніх тектонічних процесів. Багато озер, зокрема Танганьїка, змінювали свої обриси в історичний час. Відомі факти значних коливань рівня деяких з них (наприклад, озера Ньяса) у зв'язку з тектонічними рухами.

Гірський рельєф і строкатість у розподілі опадів обумовлюють розмаїтість ґрунтів і рослинності. У рослинному покриві переважають савани і так звана паркова рослинність, що представляє собою сполучення трав'янистих просторів з невеликими гаями і галерейними лісами. Вологі тропічні ліси займають порівняно менше місця, ніж інші рослинні формації. Вони поширені майже винятково біля підніжжя високих гірських масивів і в нижніх частинах їхніх схилів, звернених убік вологих вітрів. Найбільші масиви цих лісів знаходяться на заході, де вони зливаються з лісами басейну Конго. Лісу покривають також північно-західне узбережжя озера Вікторія, оточують підніжжя Рувензорі, Кенії і Кіліманджаро. На східному узбережжі вони зустрічаються головним чином уздовж річкових долин і на прибережних островах.

На висоті близько 1200 м вологий ліс поступово змінює свій склад, і до висоти 2000 м у горах переважає парковий ландшафт, у якому трав'янисті простори чергуються з гаями. Завдяки помірним температурам і родючим ґрунтам цей пояс звичайно щільно заселений. Вище гори покриті густими гірськими лісами з ліанами і епіфітами. На висоті близько 3000 м ліси змінюються луками з гігантськими складноцвітими, а з висоти 4800 м починається пояс вічних снігів і льодовиків.

У деяких районах навколо озер і уздовж повільно поточних рік поширена болотна рослинність приблизно такого ж типу, як в улоговині Білого Нілу. Вона складається з густого переплетення очеретів, очеретів і папірусів з окремими деревами. Подібна рослинність зустрічається і на окремих ділянках морського узбережжя, і в дельтах рік.

Найбільші площі Східно-Африканського нагір'я зайняті ксерофітними типами рослинності. В внутрішніх районах великі території покривають зарості акацій, мімоз, тамарисків і молочаїв, що чергуються з відкритими трав'янистими ділянками. Значні простори зайняті типовою саваною і парковими лісами.

Для одержання нових орних земель і добрива ґрунту дзиґою рослинність часто випалюють, що веде до зміни та збіднення її видового складу.

Східно-Африканське нагір'я славиться своєю багатою і різноманітною фауною. Мавпи, слони, жирафи, носороги, буйволи, зебри, антилопи знаходять собі багату їжу в безкрайніх саванах і лісах регіону. Багатство травоїдних тварин сприяє поширенню хижаків, серед яких є леви, леопарди. У річкових і озерних заростях і водоймах водяться бегемоти, крокодили, гніздиться незліченна кількість місцевих і перелітних птахів. Більш сухі місця буяють ящірками і зміями.

Тривале винищування фауни викликало зменшення числа тварин і привело багато видів на грань вимирання. З цією метою створені всесвітньо відомі національні парки і заповідники Східної Африки.

У національному парку Ківу (Заїр), що включає гірський масив Рувензорі, озера, гарячі джерела, охороняються ландшафти і багатий тваринний світ лісів, саван, вулканічних районів. На півдні в умовах  заповідника живуть гірські горили.

Охоронюваними територіями  є  також  національний парк Катера в Руанді, на границі з анзанією, заповідники і національні парки Танзанії — Серенгеті, древній вулканічний кратер Нгоро-нгоро, вулканічний масив Кіліманджаро й ін.