Народився 1877 р. в Перемишлі в родині учителя гімназії. Вищу освіту здобув в університетах Львова і Відня. З 1899 р. працював у львівських гімназіях. 1901 р. здобув ступінь доктора філософії, став членом Наукового товариства імені Шевченка. 1904 р. брав участь у польових експедиціях Інституту географії А.Пенка та Геологічного інституту В.Уліга. Цього ж року отримав звання професора. З 1908 р. — професор кафедри географії Львівського університету. 1919 р. польська окупаційна влада звільнила його з університету, і він емігрував до Відня. 1920 р. — професор економічної географії Академії торгівлі у Відні. З 1921 р. — професор географії та декан філософського факультету у Вищому педагогічному інституті ім. Драгоманова в Празі. 1926 р. очолив кафедру топології і картографії Геодезичного інституту в Харкові. 1927 р. — організатор і перший директор Українського науково-дослідного інституту географії і картографії, редактор «Вісника природознавства». З 1929 р. — керівник кафедри географії ВУАН, комісії краєзнавства, Музею антропології та етнографії імені Ф.Вовка. 1934 р. його репресовано, заслано на Соловки, де він загинув.

Головні праці С.Л.Рудницького: «Нинішня географія» (1905 р.), «Начерк географічної термінології» (1908 р.), «Коротка географія України» (1910—1914 рр.), «Україна: земля і народ» (1916 р.), «Україна — наш рідний край» (1917 р.), «Основи землезнавства України» (1924, 1926 рр.), «Основи геології й морфології Закарпаття» (1925, 1926 рр.), «Завдання географічної науки на українських землях» (1927 р.). С.Л.Рудницький значною мірою був засновником української геоморфології, антропогеографії, політичної, соціально-економічної та демографічної географії. Особлива заслуга С.Л.Рудницького в тому, що він започаткував картографічний напрямок в українській географії. Розробляти географічні карти українською мовою він почав у Львові, продовжував на еміграції у Відні, а також в радянській Україні. Завдяки йому Україну чи не вперше було представлено у картографічних працях як цілісну просторову одиницю.

Степан Рудницький по праву вважається основоположником української політичної географії. Оригінальну концепцію її С.Л.Рудницький виклав у працях «Україна з політично-географічного становища» (1916), «Україна і великодержави» (1920), «Українська справа зі становища політичної географії» (1923). Ці праці С.Л.Рудницького, мабуть, найкращі у всій дотеперішній українській політології, мають і досі актуальне значення для справи державних змагань українського народу, формування його національної ідентичності, усвідомлення його ролі і місця в загальноєвропейському процесі демократичного оновлення. Концепція С.Л.Рудницького з’явилася у той час, коли виникла нагальна потреба інформувати світ про українські проблеми. В ній на оригінальній основі досліджуються і викладаються проблеми України, її національні, політичні, економічні і територіальні інтереси, наводяться докази для країн Західної Європи і світу про користь, яку вони могли б мати від утворення української держави.

На основі аналізу політико-географічного розвитку та політичного життя Європи і світу С.Л.Рудницький приходить до висновку, що «тільки національним державам належить будучина. Модерна світова політика повинна підпирати творення виключно національних держав. Цього вчить досвід останніх століть». Стосовно української перспективи С.Л.Рудницький стояв на позиціях української національної державності. Це питання він розглядав у європейському контексті: «Утворення української національної держави в етнографічних границях є одиноким способом, щоб запобігти заколотам і конфліктам у південно-східному куті Європи, так важному для світового господарства й для світової політики. Без національної української держави доживемо в найкоротшому часі до нових тяжких воєнних і революційних катастроф». Українська національна держава має формуватися у контексті геополітичних зв’язків з іншими державами і народами. Серед цих держав і народів найбільше значення відводилося Росії, Польщі і Німеччині.

С.Л.Рудницький вважав, що відсутність власної держави робить націю беззахисною у розв’язанні соціально-економічних, національно-політичних та інтелектуальних проблем. Без незалежної, демократичної національної держави виникають умови для політичного, економічного та культурного гноблення одних народів іншими.

Свідомість підневільної нації уражена комплексом неповноцінності, меншовартості, байдужості, лукавства до всього сущого «на нашій, не своїй землі». При таких спотворених умовах гідний і чесний представник українського народу не має перспектив для свого розвитку і повинен зникати, в той час як мерзенний і ганебний без докору і каяття множиться і розширює свій ареал. Річ у тому, що деспотія і демократія існують у різних вимірах, і те, що є сутністю першої, неприйнятне для другої. Вільний народ має свою національну школу, і вона виховує патріотів рідного краю, творить духовну й матеріальну основу їхнього гаразду. У народу-раба є чужа школа, яка не сприяє його духовному розвиткові.

С.Л.Рудницький підкреслював, що самостійний народ, або нація, є частиною людства, що має лише їй притаманні неповторні «питомі прикмети», які об’єднують «усі індивідуа» в одну своєрідну цілісність: 1) расова належність (антропологічна відмінність), 2) окрема мова (з літературою, наукою тощо), 3) історичні традиції і змагання на культурній, економічній, політичній ниві, 4) своєрідна культура і прагнення до її збагачення, 5) суцільна національна територія як передумова і основа національної держави.
  Маючи усі «питомі прикмети» самостійної нації, український народ своєї незалежності не зумів відстояти. С.Л.Рудницький вважав, що основна причина цього — в слабкій загальній освіті української інтелігенції та у відсутності у неї здорової національної свідомості. Будівництво держави спиралося на «всякі сурогати». «Провідники» ніколи не вірили в державну незалежність України, за національний ідеал не боролися, духу нації не розуміли, до інтересів народу були байдужі. Інтелігенція, що формувалася на бездержавних традиціях, нездатна була виконати функції державної самоорганізації.

Ці та інші ідеї С.Л.Рудницького щодо завдань українознавства було покладено в основу сучасної йому концепції. Згідно з цією концепцією, предметом українознавства є генезис, сутність, перспективи розвитку України й українства як природних, історично суб’єктних, всепланетарних феноменів. Українознавство — шлях до самопізнання й самотворення українства, здійснення ним своєї історичної місії. Українознавство спрямоване на навчання та виховання особистості з високою національною, громадянською самосвідомістю, спроможною бути творцем у полікультурному просторі. Коли нація виборює свободу та право бути вільною серед інших, то ідеї державотворення в усій розмаїтості є конче необхідними для засвоєння кожною свідомою людиною.

Важливо підкреслити методологічний внесок С.Л.Рудницького в розширення спектру українознавства. Його уявлення щодо функцій географічного знання в системі українознавства мали перспективний та концептуальний характер: роль і функції географії необхідно витлумачувати у річищі культурологічного і народознавчого аспектів; вона є одним з найпошанованіших складників людського знання і культури в цілому, зокрема має слугувати важливим дійовим чинником формування самої духовності українського народу; географія є природничою наукою, але, включаючи в себе антропогеографічну гілку досліджень, вона опиняється безпосередньо на межі з гуманітарним знанням широкого змісту. Такий підхід значно розширює систему українознавчих досліджень, поєднує соціогуманітарну і природничу методологію.

Славнозвісний німецький географ Альбрехт Пенк, у якого С.Л.Рудницький навчався у Віденському університеті, доклав багато зусиль, щоб полегшити долю заарештованого учня, якого він підтримував упродовж усього життя. А.Пенк згадував у листі від 3 листопада 1933 р.: «Я пишаюся тим, що підготував справжніх працьовитих учнів, серед яких хотів би назвати Степана Рудницького, про якого я, на жаль, останнім часом нічого не чую». А.Пенк писав до Ленінграда з проханням створити можливість С.Л.Рудницькому для наукової праці. Але відповідь з Ленінграда на клопотання А.Пенка так і не надійшла.