Безкрайні вологі тропічні ліси покривали колись велику частину цього простягнутого на 1609 км. острова, але за останні 40 років ліс повністю перевели на дрова  для потреб сільського господарства, що підтримує постійно зростаюче населення. Незважаючи на це Мадагаскар все ще залишається островом приголомшливого біологічного різноманіття. Коли острів відколовся від Африки, а це було, як мінімум, 165 мільйонів років тому, створилися умови для еволюції тварин і рослин без впливу ззовні: Мадагаскар практично перетворився на грандіозну лабораторію, і  рослини і тварини , що зустрічаються тут часто не схожі ні на які у світі. Близько 10000 рослин зустрічаються тільки на Мадагаскарі, як і половина з усіх хамелеонів. Один з видів хамелеона - брукезія - настільки малий, що може легко поміститися на кінчику великого пальця, проте жителі Мадагаскару уникають його, так як вірять, що він приносить нещастя. Унікальні для острова і такі рептилії, як промениста і клювогруда черепахи.
    На заході острова розташований негостинний заповідник Цінжі-дю-Бемараха, де гострі, 30-метрові голки вапняку встромлювались у небо на території в 155 кв.км. Місцеві люди кажуть, що у всій цій області навряд чи знайдеш шматок рівної землі, досить великий, щоб поставити на нього ногу, - чинник, що допомагає врятувати хоча б частину рослин і тварин Мадагаскару від знищення.
    На південь від Цінжі знаходиться Морондава, де дощі йдуть лише чотири місяці на рік. У цих унікальних умовах зростає шість видів баобаба, тобто на п'ять більше, ніж збереглося до наших днів на африканському материку. Дерева пристосувалися до клімату Мадагаскару: вони накопичують воду під час сезону дощів і потім живуть цим запасом вісім місяців до нових дощів. Як і інші області Мадагаскару, ліси баобабів піддаються постійній загрозі через експансію людини, але їх особливо важко відновлювати, коли шкоди вже завдано. Дерева живуть сотні років і не плодоносять щороку, до того ж тривала посуха може погубити всі паростки. Тварини теж створюють проблеми: так, великоногі миші, що живуть лише на дуже невеликій території в західному Мадагаскарі, харчуються проростками баобабів. Захисники природи стикаються тут зі складною стратегічною проблемою, розриваючись між прагненням відновити ліси баобабів, щоб забезпечити виживання інших видів тварин, і охороною великоногої миші.
    На півдні острова розташований невеликий заповідник Беренті. Одні з найбільших у світі крилани носяться над гігантськими тамарінда, у чиїх гілках вони живуть, і ця колонія, що налічує кілька тисяч тварин, вважається однією з найбільших, що влаштувалися так близько від людського житла. Так само численні в Беренті котячі лемури, які самовпевнено походжають перед відвідувачами, поглядаючи на них своїми дивними помаранчевими очима.
   Значна частина з тисячі унікальних мадагаскарських видів орхідей росте в Національному парку Монтань д'Амбр, на північній частині острова, однак не весь Мадагаскар покритий соковитою зеленню: рубка, а подекуди й випалювання лісу не пройшли безслідно. Коли земля позбавляється свого природного рослинного покриву, нічому утримати родючий шар грунту, який з кожним роком все більше вимивається дощами.