Озеро Накуру - перлина національного парку, що носить його ім'я, і це один з найпрекрасніших куточків світу дикої природи. Накуру входить в систему озер, що простягаються ланцюжком вздовж східного берега Африки по Зоні розломів від Лівану до Мозамбіку. Ці озера розташовані на різній висоті і розрізняються за ступенем солоності: серед них є прісні, помірно солоні і надсолоні або содові озера.
    Накуру, що лежить на південь від екватора на висоті 1759 м, - одне з найбільш високогірних озер, його басейн становить близько 1800 кв.км., причому воно вбирає більшу частину води двох великих річок - Ньіро і Ндеріт. З озера не випливає ні однієї великої річки, рівень води в ньому залежить від кількості води, що впадає в нього  (яка, у свою чергу, залежить від опадів), певна кількості води забирається людьми на свої потреби, від притоку води із сезонних джерел і швидкості випаровування . Його площа близько 40 кв.км., максимальна глибина близько 2,7 м.
     Озеро Накуру відноситься до надсолоних через високий вміст у воді карбонатів і бікарбонатів, а не хлоридів, як у морі. Це робить водне середовище дуже несприятливим для живих істот. Тільки пристосовані до специфічних умов форми життя можуть існувати тут, що, природно, не сприяє різноманітності водних видів. У воді немає жодних великих рослинних форм, проте зареєстровано шість видів фітопланктону. Значно перевершує всі інші за чисельністю крихітна синьо-зелена водорость spirulina platensis, яка мешкає тут в таких величезних кількостях, що вода стає густою і липкою і набуває темно-зеленого відтінку. Ця крихітна рослина, що лежить в основі всього ланцюга трофічних відносин в озері, містить велику кількість протеїнів і бета-каротину. Вона є основним продуктом харчування п'яти видів зоопланктону, чотирьох видів гребляків, двох видів личинок комах і веслоногих рачків-каланід, які разом представляють весь спектр природної водної  фауни безхребетних. Існує також один вид риби, завезений в озеро в 1953 році і потім відновлений в 1962 році, після того як озеро повністю пересохло, а потім знову наповнилася водою. Саме поєднання всіх цих видів робить озеро настільки вражаючим за складом природних мешканців. Вони забезпечують їжу для незліченної кількості птахів, багато з яких харчуються рибою.
    Самий примітний з птахів - малий фламінго, що прилітають на озеро годуватися, фламінго може набиратися до 1,5 мільйонів, вони розташовуються яскраво-рожевим килимом вздовж берегів озера. Живляться вони виключно спіруліною; що міститься у водоростях  і додає птахам таке характерне яскраво-рожеве забарвлення.